Para aqueles que temem vírus, cavalo-de-tróia e outras pragas, uma boa opção  e gratuita é o Panda USB Vaccine - Antimlaware and Vaccine for USB devices. Basta fazer o download e para isso deverá preencher um pequeno formulário e clicar em Send, a partir daí fazer o download,instalar e clicar em Vaccinate computer e pronto. A partir daí terá um pouco mais de segurança.

Link:

http://www.pandasecurity.com/homeusers/downloads/usbvaccine/

Abraço.